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法律并不绝对禁止关联交易，合法及公平的关联交易受法律保护。因此，要控制关联交易的法律风险，即是要从程序及实体上保障公司关联交易的合法性及公平性。具体而言，主要包括以下几个方面：
1、确立公平合法的审批程序
公司应按照《公司法》的要求，通过公司章程或关联交易管理办法，确定公司关联交易的定价、审批、决议、披露等方式。在关联交易审批权限上，应对股东会与董事会的审批范围作出合理合法的划分，并确立“利益关系股东\董事回避”及“非利益关系股东\董事半数通过”的审议表决制度。
2、保障关联交易的公平性
首先，公司应保证关联交易价格的公平性，即在市场公允价格的基础上分析，可排除通过关联交易对公司资产或权益进行“浪费“或”赠与“的可能。
其次，对于与市场公允价格具有较大差异的关联交易，利害关系股东、董事或管理人员应充分说明原因，由公司关联交易审批机构依据实际情况及公平公正原则进行审批。
3、关联交易披露
虽然法律并未规定非上市公司关联交易的强制披露制度，但是关联交易的披露制度对于非上市公司的意义同样十分重要。因为，非上市公司具有比上市公司更强的自治性，公司控股股东完全可以按照章程及股东协议对关联交易决策机制进行安排，并通过这种安排排除少数股东对关联交易事宜的参与及决定权利。这种情况下，关联交易披露实际上成为了少数股东关于关联交易的唯一权利保障制度。通过披露，即使少数股东不享有决策权，但其知道了公司关联交易的具体情况，知道了控股股东与董事会、公司管理层之间的交易状况。
关联交易的披露内容主要包括：公司关联人情况、关联交易类型、交易价格及比例、定价原则，以及公司董事、监事及高级管理人员的薪酬情况及政策。关联交易披露的对象为公司全体股东。
需要特别说明的是，对于有限责任公司中的一人公司或家族公司来说，上述关联交易风险控制制度实际上已经很难起到制度约束作用。笔者在从事并购法律业务时，也经常遇到该类性质的公司存在大量关联交易的情形。对于该类公司，在监管机构缺失的情况下，关联交易的控制确实存在灰色地带。但是尽管如此，该类公司关联交易的危害性依然存在，例如可能侵害债权人利益、关联交易的依赖性过大、股东滥用公司独立法人地位等。因此，即使对于该类企业，对于关联交易仍应予以充分规制，只不过在我国当前法律框架下，这种规制更多依赖于该类企业及其股东的自律。
4、公司对外投资及并购重组时应对目标公司的关联交易情况进行充分尽职调查
如前所述，关联交易所涉及的法律及商业风险，要求公司在对外投资及并购重组时，应充分了解目标公司的关联交易情况，以防止投资或并购后相关风险的承接并对目标公司的交易价值作出合理评估。这就要求公司应聘请会计师事务所、律师事务所等中介机构从财务及法律两个方面对目标公司的关联交易情况进行尽职调查，及时发现并合理规避相应的投资风险。
