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2009年1月4日，中国烟草总公司（以下简称中烟总公司）作出《关于云南红塔集团有限公司转让持有的云南白药集团股份有限公司股份事项的批复》，同意红塔有限公司有偿转让其持有的云南白药集团股份有限公司（以下简称云南白药集团）无限售条件的流通国有法人股份65813912股，要求云南中烟工业有限公司（以下简称云南中烟公司）依该批复指导红塔有限公司按《国有股东转让所持上市公司股份管理暂行办法》和《上市公司解除限售存量股份转让指导意见》的规定进行股份转让。
2009年9月10日，红塔有限公司与陈发树签订了《股份转让协议》，约定红塔有限公司将其持有的占云南白药集团总股本12.32%的本案争议股份全部转让给陈发树，对价为每股33.543元，总价款2207596050.22元，在转让协议签订后五个工作日内一次性付清。该协议第十二条约定红塔有限公司在转让协议生效并收到全部价款后，应当及时办理所有与本次目标股份转让有关的报批、信息披露等法律手续，陈发树应当配合红塔有限公司的上述工作。该协议第30条约定，转让协议自签订之日起生效，但须获得有权国资监管机构的批准同意后方能实施。
《股份转让协议》签订后，陈发树按约将2207596050.22元（含之前交付的竞聘保证金）支付到红塔有限公司指定账户。
2009年9月11日，红塔有限公司向其上级机构红塔烟草（集团）有限责任公司（以下简称红塔集团公司）上报了《云南红塔集团有限公司关于将所持云南白药集团股份有限公司的股份整体协议转让给自然人陈发树的请示》2010年5月28日，云南白药集团召开2009年度股东大会通过决议，以资本公积金向全体股东每10股转增3股。
2011年4月27日，陈发树向红塔有限公司发出《办理股份过户登记催促函》，红塔有限公司于2011年5月10日回函称，本次股份转让事宜必须获得有权国资监管机构的批准后方能实施，其积极向上级主管机构进行了相关报批工作，现并未收到任何书面批复意见。
2012年1月17日，中烟总公司作出《关于不同意云南红塔集团有限公司转让所持云南白药集团股份有限公司股份事项的批复》，该批复载明“不同意本次股份转让”。依据该批复意见，云南中烟公司和红塔集团公司也作出了不同意本次股份转让的相关批复。
2011年12月21日，陈发树向云南高院起诉，请求确认《股份转让协议》合法有效；判令红塔有限公司已构成违约，赔偿损失并应当继续履行申报义务。
法院判决陈发树一审败诉，确认合同有效，但由于转让协议“未获得有权国有资产监督管理机构批准”，而驳回原告要求的继续履行合同请求和其他全部诉讼请求。后陈发树上诉。2014年7月最高人民法院经审判委员会讨论决定，做出（2013）民二终字第42号民事判决书，认定该协议“属于应当办理批准手续的合同，但未能得到有权机关批准，故应依法认定为不生效合同”，撤销一审判决，判令云南红塔向陈发树返回本金，并按同期人民银行贷款利率计算利息，驳回陈发树的其他诉讼请求。2015年6月28日，最高人民法院公布了5月7日做出的（2015）民申字第1号《再审民事裁定书》，驳回陈发树就上述判决的再审申请。
有观点认为，中国烟草总公司不同意股份转让，主要基于以下两个原因：1.此案涉及防止国有资产流失，慎重是必然的。以往十几年，由于某些政策失误，国有资产低价流失的案例比比皆是。2.本案中国企的违约与云南白药不断飙涨的股价相关。据了解，从2009年9月10日红塔集团与陈发树签订《股份转让协议》至今，云南白药的股价已从43.92元/股涨至最高价119元/股。云南白药不断上涨的股价使得双方对此交易变得更为敏感。然而，导致陈发树最终惨败的重要原因还在于合同双方权利义务的设定，陈发树的义务包括五日内付现22亿元，而红塔集团一方的义务仅为上报，此外还约定，转让协议自签订之日起生效，但须获得有权国资监管机构的批准同意后方能实施，至此，陈发树一方难有胜算。
此后，陈发树本人以及旗下的新华都集团相继在二级市场增持云南白药股份。截至2015年二季度，新华都集团位列云南白药前10大股东名单，陈发树合计持股一度进入云南白药第4大股东之列。2016年，国有企业混改制被大力推行，陈发树的机会随之而来。7月，云南白药公告停牌，称公司实际控制人云南省国有资产监督管理委员会（下称“云南省国资委”）正在筹划与白药控股相关的重大事项，以推白药控股开展混合所有制改革相关工作。
2016年12月28日，云南白药的实际控制人云南省国资委、新华都及白药控股签署了《云南省人民政府国有资产监督管理委员会与新华都实业集团股份有限公司关于云南白药控股有限公司股权合作协议》（下称“《股权合作协议》”）。根据《股权合作协议》约定，新华都对白药控股单方进行增资约254亿元（实际为253.69亿元），本次交易完成后实现云南省国资委和新华都分别持有白药控股50%股权。未来白药控股的董事、监事及高级管理人员均以市场化原则进行选聘。
8年前，陈发树拿22亿元没买到云南白药12%的股权；8年之后，陈发树又来了，他拿出了254亿元，成为了云南白药第一大股东。
